Nhân vật chính điều khiển được trong Silent Hill 3 là Heather, một thiếu nữ mười bảy tuổi và là con nuôi của Harry Mason.[22] Claudia Wolf, một nữ tu sĩ của giáo phái mưu tính mang về một thiên đường trên Trái Đất, đóng vai trò là nhân vật phản diện trong game.[13] Khi Heather cố gắng làm sáng tỏ nguyên nhân vì sao giáo phái của Silent Hill lại bám theo cô, rồi cô lần lượt gặp gỡ một số nhân vật kỳ lạ như viên thám tử tư Douglas Cartland;[12] Vincent, một thành viên giáo phái kỳ lạ trông có vẻ căm ghét Claudia;[34] và sau cùng là Leonard Wolf, cha của Claudia người luôn hành hạ bà lúc nhỏ.[26]
Một thiếu nữ mười bảy tuổi và là nhân vật chính trong game. Cô đột ngột bước vào thế giới ác mộng không có một sự cảnh báo nào và luôn muốn trốn thoát khỏi cơn ác mộng này. Điều chỉ có thể thực hiện sau khi cô đã đánh thức được con người thực sự trong Heather, thứ đã ngủ quên 17 năm về trước. Theo lời nhà phát triển thì Heather là "một cô gái bình thường mà bạn có thể tìm thấy ở bất cứ nơi đâu" với tính khí dẽ cáu gắt và miệng lưỡi sắc sảo.
[35] Cô vốn là hóa thân của Cheryl Mason và Alessa Gillespie được Harry Mason nhận nuôi sau sự kiện diễn ra ở phần đầu tiên. Bản thân cô đóng một vai trò quan trọng trong nỗ lực hạ sinh "Chúa Trời" của Claudia Wolf bởi vì cô mang trong mình phôi thai của một thực thể thần bí. Đó là lý do tại sao Heather có được cơ thể bất tử. Ở phiên bản gốc, nhân vật chính do
Heather Morris lồng tiếng. Trong bản HD thì nhân vật được lồng tiếng bởi
Amanda Wynn-Lee.
[36].
Một người phụ nữ 29 tuổi đóng vai trò là nhân vật phản diện chính trong game. Là người đứng đầu kiêm nữ tu sĩ của giáo phái The Order, một giáo phái mang hơi hướng tôn thờ chúa quỷ. Suốt thời thơ ấu Claudia luôn bị hành hạ bởi người cha độc đoán và cuồng tín Leonard về sau đã khiến bà ta trở nên loạn trí. Do lúc nhỏ chịu ảnh hưởng của Dahlia nên bà ta muốn sử dụng hóa thân của Heather để tạo ra một thế giới mới và đẩy cô vào cái thiên đường ảo tưởng bất chấp tước đoạt đi mọi thứ nơi cô. Bà ta biện minh cho những hành động điên rồ này bằng niềm tin chân thành và ước muốn cứu rỗi linh hồn của tất cả mọi người trên thế giới. Claudia sở hữu chút quyền năng ma thuật có thể kiểm soát được trái tim và tâm trí của các tín hữu. Đặc biệt là mối quan hệ ngầm nào đó với thế lực ma quái của thế giới ác mộng ở Silent Hill bằng chứng là bà ta có thể ra lệnh cho con quái vật sát hại cha của Heather. Nhân vật trong phiên bản gốc do nữ diễn viên và ca sĩ
Donna Burke lồng tiếng, phiên bản HD được lồng tiếng bởi
Laura Bailey.
[37]Một viên thám tử tư già gần 60 tuổi, được Claudia thuê để tìm kiếm Heather và ông ta đã thành công. Douglas từng là cảnh sát, về hưu mười năm trước khi xảy ra các sự kiện trong game. Con trai ông đã bị giết chết trong khi cố gắng cướp một ngân hàng. Thật trùng hợp vì ngày Douglas gặp được Heather cũng chính là ngày cả hai người lạc vào thế giới quái vật khủng khiếp. Bị qui trách nhiệm gây ra cơn ác mộng cho Heather, Douglas phải chứng minh mình với tư cách là người giúp đỡ chứ không phải kẻ thù của cô. Sau cái chết của Harry, ông quyết định chở Heather tới Silent Hill với tư cách là một đồng minh. Douglas còn xuất hiện trong
Silent Hill Homecoming qua dòng tin đăng trên một tờ báo cho biết cuối cùng ông đã vạch trần chân tướng sự việc những hoạt động kỳ quái của giáo phái The Order. Nhân vật được lồng tiếng bởi
Richard Gross. Thế nhưng nam diễn viên này đã chết trong 43 ngày trước khi phát hành phiên bản gốc do chứng
suy gan.
[38]. Trong phiên bản HD do
Kirk Thornton lồng tiếng.
Một gã thanh niên 24 tuổi giữ chức vụ thầy tế của giáo phái The Order. Xuất hiện vào những lúc Heather không ngờ nhất, thường đưa ra những lời nhắn đầy sự ngờ vực. Vincent nhìn chung trông thực dụng hơn Claudia bởi vì hắn ta không cùng quan điểm giáo điều, cũng như ra sức chống đối các hành động của người đứng đầu giáo phái này. Bất ngờ hơn là Vincent lại đứng về phía Heather dù họ chẳng quen biết gì nhau. Mặc dù tướng mạo đơn sơ và trang nhã, thế nhưng Vincent thực sự là một kẻ đạo đức giả chỉ muốn lợi dụng sự sùng bái vì lợi ích cá nhân của mình hơn là phụng sự giáo phái. Mục tiêu của Vincent là dùng giáo đường để kiếm tiền mưu lợi riêng. Dù cho kế hoạch của hắn là liên kết khả năng của Claudia và Alessa với đức tin của giáo phái, vì vậy mà hắn chưa thể dứt áo ra đi chừng nào tận mắt chứng kiến sự ra đời của "Chúa Trời". Đó là lý do tại sao Vincent muốn đứng về phía Heather và ngăn chặn kế hoạch của Claudia. Trong phiên bản gốc nhân vật được lồng tiếng bởi
Clifford Ripel, phiên bản HD do
Yuri Lowenthal lồng tiếng.
Cha của Claudia và là nguyên giáo chủ giáo phái The Order. Heather gặp được ông tại bệnh viện Brookhaven để lấy dấu ấn của Metatron mà theo lời Vincent thì nó có thể ngăn chặn việc hạ sinh "Chúa Trời". Tuy nhiên, Leonard thực sự là một con quái vật. Tư tưởng thần học của ông khác hẳn Claudia do ông tin rằng chỉ có những thành viên của giáo phái mới được cứu rỗi. Leonard là người đã dẫn dắt Claudia hướng niềm tin trong sự thờ phụng "Chúa Trời". Ông có quan điểm kiên định và hay trừng phạt nghiêm khắc những hành vi không đúng chuẩn mực tôn giáo của Claudia lúc bà còn nhỏ, do vậy mà sau này bị Claudia đưa vào bệnh viện Brookhaven cách ly hoàn toàn. Nhân vật được lồng tiếng bởi
Matt Lagan.
